它有效控制循环冷却水系统微生物生长、繁殖，控制循环换冷却水系统微生物腐游泳池循环水处理蚀，微生物粘泥。
常用杀菌灭藻剂可分氧化性杀菌剂，非氧化性杀菌剂两大类。
氧化性杀菌剂是具有强烈氧化性的水处理药剂，一强氧化剂，水中微生物杀生作用强烈。
氧化性杀菌剂水中其他还原物质能氧化作用，水中存有机物、硫化氢，亚铁离子，消耗部分杀菌剂，
降低他们杀菌效果。
循环冷却水常用氧化性杀菌剂具：含氯化合物、过氧化物、含溴化合物具氧化性质化合物。
它们普遍具杀菌灭藻速度快、杀生循环水处理效果广谱性、处理费用较低、环境污染相对影响小、微生物不易产生抗药性的优点。
不足之处在受水中有机物，具还原性物质影响较、药效时间短、受水中pH值影响较游泳池净化设备大、分散渗透、剥离效果差。
非氧化性杀菌剂不是以氧化作用杀死微生物游泳馆水处理设备，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，非氧化性杀菌剂不受水中还原物质影响。
非氧化性杀菌剂通常为季铵盐类、氯酚类非氧化性化合物。
它们杀生作用一定持久性，沉积物，粘泥有渗透、剥离作用，硫化氢、氨的还原泳池净化设备质影响较小，受水中pH值影响较小(少数药受pH值影响)的优点。